Το σχολείο μας λειτούργησε για πρώτη φορά το σχολικό έτος 1982-83 σύμφωνα με το υπ’ αριθμ. ΦΕΚ 648/16-10-81/Τ. Β’.

Σύμφωνα με το παραπάνω ΦΕΚ το 31ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης μετατράπηκε από το σχολικό έτος 1982-83 σε 2ο Πρότυπο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης της ΙΓ’ ΑΕΠ Μ/Ε. Στην αρχή λειτούργησε στο κτίριο του Α’ Λυκείου Τούμπας επί της οδού Ψαρών με Παπάφη και Διευθυντή του τον κ. Ι. Τουμπάνο.

Το σχολικό έτος 1982-83 λειτούργησε στο 31ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης, επί της οδού Εθνικής Αμύνης 8, ενώ από την επόμενη χρονιά και μέχρι το Σεπτέμβρη του 1997 λειτούργησε σε πτέρυγα του 2ου Λυκείου Τούμπας επί της οδού Κλεάνθους 30.

Από το σχολικό έτος 1997-98 λειτουργεί μαζί με το 1ο Πειραματικό Λύκειο στο καινούριο κτίριο του παραπάνω συγκροτήματος (Δ/γές 03/654, 25-9-97, Νομαρχ. αυτοδιοίκησης Θεσσαλονίκης, πρακτικό παραλαβής 3-12-97). Με την υπ’ αριθμ. 07/978 απόφαση της Νομαρχ. αυτοδιοίκησης Θεσσαλονίκης διαπιστώθηκε ότι υπάρχει η δυνατότητα κατασκευής στον αύλειο χώρο προς το συγκρότημα της Ψαρών προσθήκη και κατασκευή νέων αιθουσών στο ήδη υπάρχον νεοκατασκευασθέν κτίριο. 

Το σχολείο από πρότυπο μετατράπηκε σε πειραματικό σύμφωνα με την υπ’ αριθμ.Δ4/578/14-7-86 διαταγή του Υπουργείου Εθν. Παιδείας και Θρησκευμάτων (Υπουργ. απόφαση Δ4/484/18-6-86 σύμφωνα με το ν. 1566/85).

Διευθυντές του διετέλεσαν :

• Τουμπάνος Ι.
• Δημοπούλου Ευστ.
• Λαλόπουλος Βλαδ. 
• Ζακεστίδου Σοφία 
• Παπαδόπουλος Ν. 
• Νικολαϊδης Δ. 
• Γαλάνη Μ. 
• Κωνσταντινίδης Δ. 
• Δεσπότης Π. 
• Σιγγάρης Δ. 
• Πρωτοσυγγέλου Τριανταφυλλιά 
• Μάρα Αλεξάνδρα
• Μισαηλίδης Γρηγόριος 
• Κική Αντικουλάνη (νυν Διευθύντρια)